Åžam’da yer alan 5. Ordu’daki görevi, Mustafa Kemal’e Ä°mparatorluk sınırları içindeki aksaklıkları, hem devlet yönetimindeki hem de ordudaki hata ve eksiklikleri daha yakından görmesini saÄŸladı. Bu zor durumdan kurtuluÅŸ ve çıkış yolları aramaya baÅŸladı. 1906 yılının Ekim Ayı’nda bazı arkadaÅŸlarıyla gizli olarak Vatan ve Hürriyet Cemiyeti’ni kurdu; cemiyetin Beyrut, Yafa ve Kudüs’te örgütlenmesini gerçekleÅŸtirdi. Daha sonra Selanik’e giderek, burada Vatan ve Hürriyet Cemiyeti’nin bir ÅŸubesini açtı ve tekrar Åžam’a döndü.

Mustafa Kemal 20 Haziran 1907 tarihinde KolaÄŸası, yani günümüzdeki adıyla kıdemli yüzbaşı oldu. 13 Ekim’de ise merkezi Manastır’da bulunan 3. Ordu Karargahı’na atandı ve bu ordunun Selanik’teki bölümünde göreve baÅŸladı. Ayrıca 22 Haziran 1908′de, 3. Ordu Karargahı’ndaki görevine ek olarak Ãœsküp-Selanik demiryolu müfettiÅŸliÄŸi de kendisine verildi.

Mustafa Kemal o günlerde Rumeli’de önemli bir faaliyet gösteren Ä°ttihat ve Terakki Cemiyeti’ne katıldı. Bu cemiyetin o sıradaki baÅŸlıca hedefleri, 1876 Anayasası’nın tekrar yürürlüğe konmasını ve kapalı durumdaki Meclis-i Mebusan’ın yeniden toplanmasını saÄŸlamaktı. Nitekim Sultan Abdülhamit’in onayıyla 23 Temmuz 1908 tarihinde ilan edilen II. MeÅŸrutiyet’te Ä°ttihat ve Terakki büyük bir rol oynadı.

KiÅŸiliÄŸinde tamamen özgürlükçü bir yapıya sahip olan Mustafa Kemal, MeÅŸrutiyet’in ilanını olumlu, ancak yetersiz bir geliÅŸme olarak deÄŸerlendiriyordu. Hürriyetin tam anlamıyla gelmesiyle ülkenin daha hızlı ilerleyeceÄŸi ve kalkınacağını savunuyor, yönetimin gerçek sahiplerine, yani millete verilmesini istiyordu. Ä°ÅŸte bu noktada onun, Ä°ttihat ve Terakki Cemiyeti ile önemli bir fikir ayrılığı ortaya çıktı. Çünkü Ä°ttihat ve Terakki Cemiyeti II. MeÅŸrutiyet’in ilanını yeterli buluyor, Mustafa Kemal’in inkılapçı düşüncelerini kabul etmek istemiyordu. Bu ÅŸartlarda bile O, cemiyete gerekli uyarıları yapmaktan çekinmedi.

13 Nisan 1909 tarihinde Ä°stanbul’da, 31 Mart Vakası olarak bilinen büyük bir ayaklanma patlak verdi. Mustafa Kemal, iÅŸte bu olumsuz geliÅŸme üzerine Rumeli’de kurulan Hareket Ordusu’nun Kurmay BaÅŸkanlığına getirildi ve bu orduyla birlikte 19 Nisan 1909′da Ä°stanbul’a geldi. Hareket Ordusu’nun Ä°stanbul’a geliÅŸinin ardından yapılan açıklamayı kaleme aldı ve söz konusu isyanın bastırılmasında etkili oldu. Ordunun kontrolü tamamen ele geçirmesinden sonra Sultan Abdülhamit tahttan indirildi ve yerine Sultan ReÅŸat geçirildi. Mustafa Kemal, 16 Mayıs 1909′da tekrar Selanik’teki görevinin başına geri döndü.

Mustafa Kemal’in Selanik’e dönüşü Ä°ttihat Terakki Cemiyeti ile olan görüş ayrılığını daha da ön plana çıkarır. 22 Eylül 1909′da Ä°ttihat Terakki Kongresi’nde ordunun siyasete karışması ve bunun doÄŸuracağı muhtemel olumsuz sonuçlar üzerine bir konuÅŸma yapar. Ä°ttihat ve Terakki Cemiyeti’nin izlediÄŸi siyasetin yanlış olduÄŸuna ve ülke yararına olmadığına kanaat getirir. Tüm vaktini ordudaki görevine ayırır.

Mustafa Kemal Selanik’teki görevini sürdürdüğü dönemde, Eylül 1910′da gözlemci sıfatıyla Fransa’daki Pikardi Manevraları’na gönderildi. Daha önce önemini fark ederek aldığı Fransızca eÄŸitimi kendisine büyük kolaylık saÄŸlamıştı. 1911′in Mart ayında ise, Arnavutluk’ta çıkan isyanı bastırmak üzere oluÅŸturulan Harbiye Nazırı Mahmut Åževket PaÅŸa’nın komutasındaki birlikte yer aldı. 3. Ordu Karargahı’nın ardından sırasıyla 5. Kolordu Karargahı ve 38. Piyade Alayı’nda görev aldı. Aslında bu görevler ile bazı çevreler Onu yıpratmak, ÅŸevk ve heyecanını kırmak istiyorlardı. DiÄŸer bir deyiÅŸle, hedeflenen, Mustafa Kemal’in yükselmesini engellemekti. Fakat O, bütün görevlerinde olduÄŸu gibi, burada da baÅŸarılı oldu; çalışma arkadaÅŸlarının ve kumandanlarının takdirlerini topladı.

Vatan sathında yapmış olduÄŸu görevler Mustafa Kemal’in yenilikçi ve inkılapçı düşüncelerini olgunlaÅŸtırmış ve etrafında birçok genç subayın toplanmasını saÄŸlamıştı. Fakat bu yeni yapılanma Osmanlı Devleti’nin kimi kesimleri tarafından tehlikeli görülüyordu. Nitekim onun, 27 Eylül 1911 tarihinde Ä°stanbul’da bulunan Genelkurmay BaÅŸkanlığına tayin edilmesi, bu çarpık bakış açısının bir sonucu oldu. 1908 MeÅŸrutiyeti’nden sonra bazı Osmanlı birliklerinin buradan ayrılması ve askeri gücün zayıflamasını fırsat bilen Ä°talyanlar, 1911′in son aylarında Trablusgarp’a saldırdılar. Mustafa Kemal bu geliÅŸmenin ardından Tobruk ve Derne Bölgeleri’nde gönüllü mahalli kuvvetlerin başına, sonra Derne Komutanlığına atandı. 27 Kasım 1911 tarihinde Binbaşılığa terfi etmesi de söz konusu dönem içinde gerçekleÅŸti.

Mustafa Kemal’in önderliÄŸindeki Türk birliklerinin ve yerli halkın kahramanca karşı koyması nedeniyle Ä°talyanlar ancak kıyıda tutunabilmiÅŸlerdi. Fakat bu sırada Balkanlar’da baÅŸlayan karışıklık nedeniyle buradaki mücadele sona erdi ve 15 Ekim 1912 tarihinde UÅŸi Barışı imzalandı. Bunun sonucunda Osmanlı Devleti Afrika’daki son topraklarını da kaybetmiÅŸ oldu.

1912 yılının Ekim ayında Balkan Harbi’nin baÅŸlaması üzerine Mustafa Kemal, 24 Ekim 1912′de Trablusgarp’tan ayrılarak Ä°stanbul’a geldi. 21 Kasım 1912′de Gelibolu’da bulunan Bahr-i Sefid (Akdeniz) BoÄŸazı Kuvay-ı Mürettebesi Komutanlığı Harekât Åžubesi Müdürlüğüne atandı. Bu sırada Selanik düşmüş, Bulgar Ordusu Babaeski-Lüleburgaz Savaşı’nı kazanarak Çatalca’ya kadar gelmiÅŸti. Osmanlı adeta Avrupa’dan itilip Asya’ya sürülmek isteniyordu. Ä°ttihatçıların yönetimindeki Osmanlı Hükümeti, 30 Mayıs 1913′de Midye-Enez hattını kabul etmek zorunda kalmıştı. Osmanlı mirasını paylaÅŸmada anlaÅŸamayan Balkanlılar Bulgaristan’a karşı savaÅŸa tutuÅŸmuÅŸlardı. Bu sırada Türk Ordusu hemen harekete geçti. Mustafa Kemal ise Bolayır Kolordusu Kurmay BaÅŸkanlığına getirildi; Dimetoka ve Edirne’nin düşmandan geri alınmasında oldukça emeÄŸi geçti.
Balkan Harbi’nin neticelenmesinden sonra 27 Ekim 1913 tarihinde Sofya AtaÅŸemiliterliÄŸine atandı; aynı zamanda Belgrad ve Çetine Askeri AtaÅŸeliÄŸi görevini de üstlendi. 1915 yılının Ocak ayına kadar süren bu görevi sırasında yarbaylığa terfi etti.